[Docs] Update japanese translation of newbs.md and related documents. (#7431)

* Update japanese translation of newbs.md and related documents.

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* add `ja/` in each link
  `[xxx](yyy.md)` --> `[xxx](ja/yyy.md)`

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diff --git a/docs/ja/newbs_flashing.md b/docs/ja/newbs_flashing.md
index 0c85514cf..3407b4625 100644
--- a/docs/ja/newbs_flashing.md
+++ b/docs/ja/newbs_flashing.md
@@ -13,7 +13,7 @@
 キーボードに書き込む最も簡単な方法は [QMK Toolbox](https://github.com/qmk/qmk_toolbox/releases) を使うことです。
 
 ただし、QMK Toolbox は、現在は Windows と macOS でしか使えません。
-Linuxを使用している場合(および、コマンドラインでファームウェアを書き込みたい場合)は、下の方で概説する[方法](newbs_flashing.md#コマンドラインでファームウェアを書き込む)で行なう必要があります。
+Linuxを使用している場合(および、コマンドラインでファームウェアを書き込みたい場合)は、下の方で概説する[方法](ja/newbs_flashing.md#flash-your-keyboard-from-the-command-line)で行なう必要があります。
 
 ### QMK Toolbox にファイルをロードする
 
@@ -98,7 +98,7 @@ QMK Toolbox の `Flash` ボタンをクリックします。
 *** Clueboard - Clueboard 66% HotSwap connected -- 0xC1ED:0x2390
 ```
 
-## コマンドラインでファームウェアを書き込む
+## コマンドラインでファームウェアを書き込む :id=flash-your-keyboard-from-the-command-line
 
 これは、以前のものと比較して非常に単純になりました。
 ファームウェアをコンパイルして書き込む準備ができたら、ターミナルウィンドウを開いてビルドコマンドを実行します。
@@ -123,7 +123,7 @@ QMK Toolbox の `Flash` ボタンをクリックします。
 ブートローダは主に 5 種類のものが使われています。
 Pro Micro とそのクローンは Caterina を、Teensy は HalfKay を、OLKBの AVR ボードは QMK-DFU を、その他の ATmega32U4 ボードは DFU を、そして多くの ARM ボードは ARM DFU を使います。
 
-より詳しいブートローダの情報は、[Flashing Instructions and Bootloader Information](flashing.md) にあります。
+より詳しいブートローダの情報は、[Flashing Instructions and Bootloader Information](ja/flashing.md) にあります。
 
 使用しているブートローダがわかっているならば、ファームウェアをコンパイルするときに、実は `make` コマンドにブートローダを指定するテキストを追加して、書き込みプロセスを自動化できます。
 
@@ -172,7 +172,7 @@ Checking file size of planck_rev5_xyverz.hex
 >>> dfu-programmer atmega32u4 reset
 ```
 
-?> `dfu-programmer：no device present` など、これに関する問題がある場合は、[よくある質問](faq_build.md) を参照してください。
+?> `dfu-programmer：no device present` など、これに関する問題がある場合は、[よくある質問](ja/faq_build.md) を参照してください。
 
 #### DFU コマンド
 
@@ -397,4 +397,4 @@ Uploading 22016 (0x5600) bytes starting at 0 (0x0)
 おめでとうございます！ カスタムファームウェアがキーボードにプログラムされました！
 
 使ってみて、すべてがあなたの望むように動作するかどうか確認してください。
-この初心者ガイドを完全なものにするために [テストとデバッグ](newbs_testing_debugging.md) を書いたので、カスタム機能のトラブルシューティング方法については、こちらをご覧ください。
+この初心者ガイドを完全なものにするために [テストとデバッグ](ja/newbs_testing_debugging.md) を書いたので、カスタム機能のトラブルシューティング方法については、こちらをご覧ください。